Kurikulum memegang peranan sentral dalam mewujudkan tujuan pendidikan di MAN Insan Cendekia Serpong. Pengembangan kurikulum dilakukan secara terarah, terpadu, dan sistematis untuk menstimulasi kemandirian peserta didik serta memberikan bimbingan komprehensif dari pendidik yang berdedikasi, didukung oleh sinergi keluarga dan masyarakat dalam menciptakan lingkungan belajar yang Aktif-Inovatif-Kreatif-Efektif-Menyenangkan (PAIKEM).
Pengembangan kurikulum dan pembelajaran di MAN Insan Cendekia Serpong berlandaskan prinsip-prinsip: (1) mengembangkan budaya madrasah yang peduli lingkungan serta mengedepankan nilai-nilai agama Islam dan luhur bangsa; (2) mengimplementasikan kurikulum yang responsif terhadap kebutuhan, kemampuan, dan gaya belajar peserta didik; (3) mengadopsi model pembelajaran abad ke-21; dan (4) melibatkan partisipasi aktif keluarga, masyarakat, dan pihak terkait lainnya.
MAN Insan Cendekia Serpong mengimplementasikan kurikulum nasional yang dimodifikasi secara strategis sesuai dengan visi, misi, tujuan, dan target madrasah. Modifikasi ini berfokus pada penguatan konsep dasar penguasaan Ilmu Pengetahuan dan Teknologi (IPTEK) serta pengembangan kurikulum khas bidang keasramaan. Struktur kurikulum mengorganisasikan konten pembelajaran dalam mata pelajaran, alokasi waktu per semester/tahun, dan beban belajar mingguan. Kurikulum MAN Insan Cendekia Serpong bersifat terintegrasi, dengan implementasi pembelajaran yang dilaksanakan pada pagi, siang, dan malam hari. Sesi pagi dan siang difokuskan pada mata pelajaran sesuai Kurikulum 2013 dan Kurikulum Merdeka, sementara sesi malam diperuntukkan bagi pendalaman Agama Islam yang bersifat aplikatif dan psikomotorik. Secara umum, struktur kurikulum mengacu pada regulasi pemerintah (Kemdikbud dan Kemenag), khususnya Keputusan Menteri Agama Nomor 184 Tahun 2019 tentang Pedoman Implementasi Kurikulum Madrasah, mengingat keunggulan akademik madrasah.