Pengkajian dan pendalaman keilmuan berangkat dari paradigma humanistik-etis dengan dukungan strategi yang terpadu. Ilmu-ilmu yang akan diajarkan di MAN Insan Cendekia, jika didasarkan pada nomenklatur keilmuan yang telah ada pada Standar lsi, terdiri atas ilmu humaniora (bahasa, sejarah umum dan kebudayaan Islam, demografi), ilmu sosial (sosiologi, ekonomi, geografi sosial) dan ilmu alam (Fisika, Kimia, Biologi, Geografi), yang kajian-kajiannya dipadukan dengan ilmu Alquran dan Hadis.
Pengkajiannya dilakukan secara collaborative, critical thinking, creativity, communicative (C4) sehingga dapat diinterpretasi secara terus menerus seiring dengan perkembangan zaman. Nilai-nilai universal yang terkandung dalam Alquran dan Hadis menjadi pijakan dan pandangan hidup yang menyatu dalam satu tarikan nafas keilmuan dan keagamaan yang diabdikan bagi kemaslahatan umat manusia. Keterpaduan keilmuan ini akan diwujudkan dan dikembangkan dalam pembelajaran di dalam ruang belajar dan/ atau di luar aktivitas ruang belajar.
Keterpaduan ini diharapkan dapat melahirkan lulusan MAN Insan Cendekia yang kuat akidah dan pengetahuan keagamaannya (tafaqquh fiddin), luas dan kritis pemikiran, serta moderat perilaku keagamaan ditunjang dengan penguasaan kompetensi yang ditargetkan. Pada gilirannya lulusan MAN Insan Cendekia dapat beradaptasi dan mampu belajar dengan baik di perguruan-perguruan tinggi terkemuka, baik di dalam maupun luar negeri dan bermanfaat bagi kehidupan di masyarakat sehingga mampu meneguhkan dirinya sebagai sosok muslim yang rahmatan lil alamin. Keunggulan MAN Insan Cendekia dibanding madrasah lainnya adalah: Pertama, pengembangan kurikulum dan pembelajaran mengacu kepada standar mutu di atas standar nasional pendidikan dan berbasis keunggulan lokal; Kedua, dikelola berbasis Teknologi Informasi dan Komunikasi (TIK), dengan dukungan pendidik dan tenaga kependidikan yang memenuhi kualifikasi yang disyaratkan; Ketiga, fasilitas pembelajaran yang tersedia memenuhi persyaratan kesehatan, keselamatan, kenyamanan, dan keamanan; Keempat, peserta didik wajib tinggal di asrama madrasah yang dikelola secara profesional; Kelima, mewajibkan peserta didik berkomunikasi sehari-hari di lingkungan madrasah dengan menggunakan bahasa Indonesia, dan bahasa internasional.