Peraturan Menteri Agama Nomor 60 Tahun 2015 tentang perubahan atas Peraturan Menteri Agama Nomor 90 Tahun 2013 tentang Penyelenggaran Pendidikan Madrasah menyebutkan bahwa MAN Insan Cendekia sebagai madrasah unggul tipologi akademik yang memiliki keunggulan dalam bidang akademik, sains, teknologi dan riset. Untuk mewujudkan keunggulan tersebut maka MAN Insan Cendekia harus diselenggarakan dengan tatakelola yang modern, profesional, efektif dan efisien.
MAN Insan Cendekia adalah model satuan pendidikan jenjang menengah yang memadukan antara Pendidikan Agama Islam dengan bidang ilmu pengetahuan dan teknologi secara seimbang. Dengan keterpaduan tersebut, MAN Insan Cendekia diharapkan menjadi pelopor upaya menghilangkan dikotomi antara ilmu agama dengan ilmu pengetahuan dan teknologi. MAN Insan Cendekia menempatkan etika Islam yang bersumber pada nilai-nilai universal Alquran dan hadis untuk menjiwai seluruh bidang keilmuan yang diajarkan. Islam mengembangkan ilmu yang bersifat universal antara ilmu-ilmu qauliyyah yaitu ilmu-ilmu yang berkaitan dengan teks keagamaan, seperti Alquran, Hadis, Akidah Akhlak, Fikih dengan ilmu-ilmu kauniyah, yaitu sains dan ilmu-ilmu empiris-kemasyarakatan.