Untuk memenuhi kebutuhan sumber daya manusia yang berkualitas tinggi dalam penguasaan IPTEK yang didasari nilai keimanan dan ketakwaan, pada tahun 1996 atas ide dari Prof. Dr. -Ing. Bacharuddin Jusuf Habibie, BPPT mendirikan Magnet School yang nantinya berubah namanya menjadi SMU Insan Cendekia di Serpong dan di Gorontalo melalui program penyetaraan IPTEK STEP (Science and Technology Equity Program) bagi sekolah-sekolah yang berada di lingkungan pondok pesantren.
Pada tahun pelajaran pertama (1996/1997), penerimaan siswa SMU Insan Cendekia diprioritaskan bagi siswa-siswi SMU/MA kelas satu dan siswa-siswi lulusan SMP/MTs berprestasi yang berasal dari pondok pesantren dan sekolah Islam lainnya. Akan tetapi, mulai tahun pelajaran kedua (1997/1998) SMU Insan Cendekia memberi kesempatan pula kepada siswa-siswi SLTP umum dan MTs, baik negeri maupun swasta.