Untuk memenuhi kebutuhan sumber daya manusia yang berkualitas tinggi dalam penguasaan IPTEK yang didasari nilai keimanan dan ketakwaan, pada tahun 1996 atas ide dari Prof. Dr. -Ing. Bacharuddin Jusuf Habibie, BPPT mendirikan Magnet School yang nantinya berubah namanya menjadi SMU Insan Cendekia di Serpong dan di Gorontalo melalui program penyetaraan IPTEK STEP (Science and Technology Equity Program) bagi sekolah-sekolah yang berada di lingkungan pondok pesantren.

Pada tahun pelajaran pertama (1996/1997), penerimaan siswa SMU Insan Cendekia diprioritaskan bagi siswa-siswi SMU/MA kelas satu dan siswa-siswi lulusan SMP/MTs berprestasi yang berasal dari pondok pesantren dan sekolah Islam lainnya. Akan tetapi, mulai tahun pelajaran kedua (1997/1998) SMU Insan Cendekia memberi kesempatan pula kepada siswa-siswi SLTP umum dan MTs, baik negeri maupun swasta.

Sejak tahun pelajaran 2000/2001 SMU Insan Cendekia, baik yang berada di Gorontalo maupun di Serpong, dilimpahkan pengelolaannya oleh BPPT kepada Departemen Agama RI. Untuk tetap mempertahankan ciri khas penguasaan IPTEK dan IMTAK, maka dalam pengelolaan dan pembinaannya, Departemen Agama dan BPPT terus melakukan kerja sama. Selanjutnya nama SMU Insan Cendekia ditransformasikan menjadi Madrasah Aliyah Insan Cendekia dengan tanpa mengurangi dan mengubah sistem pengajaran secara keseluruhan yang telah berjalan selama ini.

Pada tahun 2001, dengan SK Menteri Agama RI, Nomor 490 Tahun 2001 MA Insan Cendekia Serpong dan Gorontalo berubah menjadi Madrasah Aliyah Negeri (MAN) Insan Cendekia Gorontalo dan Madrasah Aliyah Negeri (MAN) Insan Cendekia Serpong.