Peraturan Menteri Agama Nomor 60 Tahun 2015 tentang  perubahan atas Peraturan Menteri Agama Nomor 90 Tahun 2013 tentang Penyelenggaran Pendidikan Madrasah menyebutkan bahwa MAN Insan Cendekia Serpong sebagai madrasah unggul tipologi akademik yang memiliki keunggulan dalam bidang akademik, sains, teknologi dan riset. Untuk mewujudkan keunggulan tersebut maka MAN Insan Cendekia harus diselenggarakan dengan tatakelola yang modern, profesional, efektif dan efisien.

MAN Insan Cendekia Serpong adalah model satuan pendidikan jenjang menengah yang memadukan antara Pendidikan Agama Islam dengan bidang ilmu pengetahuan dan teknologi secara seimbang. Dengan keterpaduan tersebut, MAN Insan Cendekia Serpong diharapkan menjadi pelopor upaya menghilangkan dikotomi antara ilmu agama dengan ilmu pengetahuan dan teknologi. MAN Insan Cendekia Serpong menempatkan etika Islam yang bersumber pada nilai-nilai universal Alquran dan hadis untuk menjiwai seluruh bidang keilmuan yang diajarkan. Islam mengembangkan ilmu yang bersifat universal antara ilmu-ilmu qauliyyah yaitu ilmu-ilmu yang berkaitan dengan teks keagamaan, seperti Alquran, Hadis, Akidah Akhlak, Fikih dengan ilmu-ilmu kauniyah, yaitu sains dan ilmu-ilmu empiris-kemasyarakatan.

Pengkajian dan pendalaman keilmuan berangkat dari paradigma humanistik-etis dengan dukungan strategi yang terpadu. Ilmu-ilmu yang akan diajarkan di MAN Insan CendekiaSerpong Serpong jika didasarkan pada nomenklatur keilmuan yang telah ada pada Standar lsi, terdiri atas ilmu humaniora (bahasa, sejarah umum dan kebudayaan Islam, demografi), ilmu sosial (sosiologi, ekonomi, geografi sosial) dan ilmu alam (Fisika, Kimia, Biologi, Geografi), yang kajian-kajiannya dipadukan dengan ilmu Alquran dan Hadis.

Pengkajiannya dilakukan secara collaborative, critical thinking, creativity, communicative (C4) sehingga dapat diinterpretasi secara terus menerus seiring dengan perkembangan  zaman.  Nilai-nilai  universal yang terkandung dalam Alquran dan Hadis menjadi pijakan dan pandangan hidup yang menyatu dalam satu tarikan nafas keilmuan dan keagamaan yang diabdikan bagi kemaslahatan umat manusia. Keterpaduan keilmuan ini akan diwujudkan dan dikembangkan dalam pembelajaran di dalam ruang belajar dan/ atau di  luar aktivitas ruang belajar.

Keterpaduan ini diharapkan dapat melahirkan  lulusan MAN Insan Cendekia Serpong yang kuat akidah dan pengetahuan keagamaannya (tafaqquh fiddin), luas dan kritis pemikiran, serta moderat perilaku keagamaan ditunjang dengan penguasaan kompetensi yang ditargetkan. Pada gilirannya lulusan MAN Insan Cendekia Serpong dapat beradaptasi dan mampu belajar dengan baik di perguruan-perguruan tinggi terkemuka, baik di dalam maupun luar negeri dan  bermanfaat  bagi  kehidupan  di masyarakat  sehingga  mampu  meneguhkan  dirinya  sebagai  sosok muslim yang rahmatan lil alamin.

Keunggulan  MAN  Insan  Cendekia  Serpong dibanding  madrasah  lainnya adalah: Pertama, pengembangan kurikulum dan pembelajaran mengacu kepada standar mutu di atas standar nasional pendidikan dan berbasis keunggulan lokal; Kedua, dikelola berbasis Teknologi Informasi dan Komunikasi (TIK), dengan dukungan pendidik dan tenaga kependidikan yang memenuhi kualifikasi yang disyaratkan; Ketiga, fasilitas pembelajaran yang tersedia memenuhi persyaratan kesehatan, keselamatan, kenyamanan, dan keamanan; Keempat, peserta didik wajib tinggal di asrama madrasah yang dikelola secara profesional; Kelima, mewajibkan peserta didik berkomunikasi sehari-hari di lingkungan madrasah dengan menggunakan bahasa Indonesia, dan bahasa internasional.